在人體中，口腔是微生物的種類最多、密度最高的部位之一，唾液中微生物數量可達4.3×107ml至5.5×108ml，種類多達300多個菌種，包括各種細菌、真菌、病毒和原蟲。
口腔治療時常見的醫源性傳播途徑有：醫患傳播：醫生或患者是某種疾病的感染者或病原攜帶者，國外曾報道許多乙肝患者感染就與牙醫有關。HBsAg陽性的牙醫對患者最初傳染的發生率為1／400～1／40。而HBeAg陽性的牙醫傳播危險性更高。Scully曾報道牙醫由於未戴手套，在3年中使55名患者感染乙肝。同時牙醫本人感染乙肝的危險性也比常人高3～5倍。結核、各型肝炎等均可引起醫患之間交叉感染。美國佛羅裡達州也有因一名患艾滋病的牙醫引起6起病人感染HIV的報道。
診療器械的傳播：高速空氣渦輪機機頭停轉時，由於內部產生的負壓，可使患者口腔內各種污染物回吸到機頭，機頭消毒不徹底或更換時，往往可使上一個病人的口腔污染物排放給下一個病人。通過機頭和牙鑽還引起多種交叉感染，據山東某醫院調查，在口腔科就診的病人中HBsAg陽性率高達19.2％。浙江某口腔專科醫院調查機頭及車針使用1次後，細菌數大大高出正常值。HBsAg污染率手機頭為5.0％，車針為12.5％，治療盤上微型器械合格率僅為47％。因此口腔診治器械消毒滅菌不徹底極易造成醫源性傳播。
口腔科器材及診療環境造成的接觸傳播：如乙肝、丙肝等傳染物有病人或攜帶者血液及混有血液的唾液。國外還有報道，治療後牙科注射器柄被血液污染率為40％，燈柄為18％，操作台把手為16％，圍布為22％，水龍頭為20％。雖經清洗後，注射器的污染率仍為10％，水龍頭為4％，操作台把手為2％。國外也有實驗證實紙封牙片可被細菌、病毒污染而引起病歷、牙醫和助手、及其它與之接觸物品污染，進而造成醫院感染發生。
診室空氣及醫務人員的手：牙科治療機機頭高速轉動使患者口腔污染物形成氣溶膠而污染診室空氣，據國內某口腔醫院調查，口腔診室空氣合格率僅為61.4％。而且由於牙鑽的高速旋轉產生的飛沫常造成醫患間傳染。口腔科醫生的手由於直接接觸病人的血液、唾液、分泌物等極易被污染，如不洗手、不更換手套，就會造成交叉感染。
因此，應從以下幾個方面著手預防感染：
1、疫苗接種。美國CDC要求在工作中接觸血液或被血液污染物質的人員，包括牙保健工作者都應接種乙肝疫苗。有可能時也應接種流感、流腮、風疹、破傷風等疫苗。
2、加強防護和屏障技術。醫生應戴乳膠或乙烯基手套，診治每位病人前應洗手和戴新手套，診後應脫去並丟棄手套後認真洗手。禁止將手套處理後重復使用。應要求醫生有戴至颏部的塑料面罩、外科口罩，以及防護鏡。接觸可疑傳染病人時應穿隔離衣或防護罩。
3、洗手應予嚴格要求和強調。戴手套前一定要認真用流動水、肥皂洗手，由於口腔操作時手套易被刺破，必要時要進行手的消毒。
4、應采用一次性口腔檢查器械，用後進行無害化處理，絕對不允許重復使用。手機、牙鑽等應盡可能采用壓力蒸汽滅菌或固體熱源滅菌，如采用2％戊二醛浸泡，滅菌時間應不低於10小時。
5、診室應每日進行預防性消毒和終末消毒，防止因環境因素造成的醫源性傳播。
