99％以上的拔牙本身不會發生問題，只有極少數情況下會發生設部殘留。尤其是牙根毀壞明顯的牙齒，有時會出現毀壞後根部殘留在血液及肉芽中的情況。雖然不會特別疼痛，但數月後，牙龈內的突出物會使臉部浮腫，舌頭觸碰時會有異樣感。這時，是否使用麻醉劑要視情況而定，醫生可用鑷子等器具完成簡單的處理工作。
彎曲的牙根前端斷裂後，就取不出來了，因為它原本是健康牙齒的一部分，所以只能將這部分完整取出。但偶爾有殘留牙根發生斷裂以及含有大量神經的情況，這時候有可能會導致縫隙中污垢殘留從而引發炎症，此時必須將剩下的牙根拔去。與最初拔牙不同的是，由於周圍骨組織已遭到炎症破壞，多數情況下可以輕易將其取出。
將牙齒損傷控制在最小范圍內的方法有“斷尾法”和“分離法”。這兩種都是應對大臼齒的處理方法，多用於位於下颚的臼齒。 “斷尾法”是將牙齒分割成兩半，只將無法保存的牙根部分取出。“分離法”用於牙骨部位有破損和斷裂時，污垢殘留、炎症反復發作的情況。分陽法同樣將牙齒分割成兩半，擴充易積攢污垢的縫隙，使污垢難以殘留。
如果牙齒像盲腸一樣可以放棄，那拔牙就是最值得信賴的方法。它與造成炎症的常在菌的種類及數量無關，是確實可以抑制炎症發生的治療方法。而如果能夠做到只去除牙齒中的潛在危害，就可以免於拔牙。
