補牙洞需要做兩個方面的工作：一方面是去齲備洞，另一方面是消毒充填。補牙洞消毒的主要目的是殺菌，以防止進一步齲壞。因為被保留的牙本質內還有細菌殘存，備洞時不可能將這些細菌去除，使用滲透性好的藥物，將牙本質內的殘存細菌殺滅，便可防止齲壞的進一步發展。
常用齲洞消毒的藥物包括：
(1) 麝香草酚：消毒力強，在牙本質中滲透性較大，對牙髓刺激輕微，具有輕度止痛作用，是較好的窩洞消毒藥。0.003%溶液可抑制化膿性細菌生長。
(2)樟腦酚：消毒力弱，但滲透性較強。
(3)丁香油酚：具有消毒、安撫止痛作用，但消毒力較弱。
(4)硝酸銀：是強消毒劑和腐蝕劑。10%溶液用於淺齲窩洞消毒，不宜作深齲洞的消毒。0.1%溶液可殺滅多種細菌；0.01%溶液能抑制細菌生長。因為硝酸銀刺激性很大，使用不當時會傷害牙髓，故使用時需加注意。
(5)酒精；75%酒精殺菌力最強，但臨床上很少用於窩洞消毒，因可能引起疼痛。
