牙齒敏感
有的患者在超聲波洗牙後還會出現牙齒敏感，這主要是在超聲波洗牙前，暴露的牙根被牙石包繞，隔斷了冷熱刺激。為減少痛苦，可在潔治後短期內避免接觸過冷、過熱食物，使牙齒有個適應過程，症狀就會有所緩解。
牙龈出血
還有一些人在超聲波洗牙過程中都會有出血，這是因為菌斑牙石等刺激牙龈發生炎症，炎症越嚴重，牙龈出血也越明顯。如果平時刷牙時就出血，說明牙龈炎症已不輕了。只有完全健康的牙龈在潔治時才不會出血。因此，洗牙後要堅持認真刷牙，清除牙菌斑等刺激物，就可減少牙龈出血。
牙齒酸痛
口腔專家指出，有人在超聲波洗牙過程中會覺得牙齒酸痛，這主要是牙根暴露所致，而牙根暴露是牙周病的一種典型表現。牙根對冷、熱、酸、甜等刺激均較敏感。因此，牙周炎症越重，牙根暴露可能越明顯，在治療中的酸痛感也會越明顯。
實質上，無論是哪種洗牙方式，都會造成短暫的影響，而實際上這些影響也是患者個人狀況所致，比如，牙齒敏感是由於牙石導致、牙龈出血是由於牙菌斑導致刺激產生、牙齒酸痛是由於牙根暴露所致，所以，這些所謂的“副作用”其實並無大礙。只要選擇正規的醫院進行超聲波洗牙，一般不會有其他問題，切不可在小診所洗牙，以免不衛生造成交叉感染。
超聲波洗牙有利有弊，但是其還是對口腔健康有著不可磨滅的作用，定期洗牙也能夠保持口腔衛生，所以還是利大於弊的。
