在洗牙過程中牙齒可能會有酸痛感，這主要是牙根暴露所致。而牙根暴露是牙周病的一種典型表現，對冷、熱、酸、甜等刺激均較敏感。另外，有人在洗牙後會出現牙齒遇冷熱食物酸痛感加劇的現象。這是因為在洗牙前，暴露的牙根被牙石覆蓋，隔斷了冷熱刺激，因此感覺不到酸痛，但若不去除牙石，則會刺激牙根繼續暴露，最終導致牙齒松動脫落。如果在洗牙中和洗牙後出現牙齒酸痛，還要提防牙齒是否有楔狀缺損或齲壞等其他牙齒疾病。
那麼洗牙是否會損傷牙體組織呢?超聲洗牙器的工作頭本身並沒有任何切削功能，它是靠超聲波的高頻振動來擊碎牙石的，不會損傷牙齒表面。而且，醫生操作時，也只是輕輕接觸牙石，沒有加壓，但要不斷移動工作頭，不能在同一部位接觸時間過長，否則可能會形成細小的劃痕，功率越大，劃痕可能越明顯。
