牙菌斑是導致牙齒、牙龈炎症的主要原因，因此每天清除牙菌斑，防止或緩解菌斑的再聚集是治療、預防牙病的最有效的手段。
自我清潔牙菌斑的方法很多，主要分為刷牙、鄰面清潔措施和藥物控制三種。
（1）刷牙：一般強調每天早晚各刷1次，也可午飯後增加1次。不用過分強調次數，而是強調刷牙的質量。保證刷到每個牙面，每個部位刷5～6次，全口每次刷夠3分鐘。
（2）鄰面清潔措施：一般的刷牙方法只能清除牙菌斑的70%左右，在牙與牙之間常常余留牙菌斑，需要在醫生的建議下合理選用牙線、牙簽、牙間隙刷等工具來輔助清除。
（3）藥物控制：一些含有抗菌藥物、植物揮發油、生物鹼或某些中藥的漱口劑也可以用來輔助清除牙菌斑。但是這也存在一些問題，如長期使用可產生耐藥菌，使牙齒、舌面著色等副作用。化學藥物只是起輔助作用，最好在醫生的指導下選用。
使用了以上自我清潔的方法，某些部位還是清潔不到，菌斑一旦礦化為牙石後，也難以清除，因此還需要定期到醫院，由醫生使用專門的器械清潔，如我們常說的洗牙。
