其實單純使用漱口水只能去除浮在牙齒表面的食物殘渣，而一些在隱蔽部位例如牙縫裡的食物殘渣和沉積物則不易被清除掉，因此千萬不能用漱口水代替刷牙。
有些人認為使用口腔清潔漱口水就能使口腔清潔了，其實漱口水雖然具有抑菌殺菌功能，但是若沒有先把牙齒刷干淨就用漱口水，那麼漱口水防蛀牙的效果就非常有限了，殘留於牙間隙和牙龈溝或者牙周袋內的細菌仍然會迅速繁殖。研究證明，一個細菌每3小時就可以繁殖一代。
此外，有些漱口水裡含有的藥物成分比牙膏裡的藥物成分還要高，常用漱口水可能導致口腔菌群失調，從而引發更多口腔疾病的發生。另外，有些漱口水可以使牙齒、舌苔著色，甚至可以引起可恢復性味覺消失。
漱口水一般是不建議長期使用的，否則其危害是非常大的：
頭暈腦脹
有些漱口水中添加了鋅，鋅雖然有保持口腔氣息清新的作用，也能幫助牙齒抵御污垢，但過量的鋅會產生一定的毒性，有可能導致莫名奇妙的頭痛。
胃痛惡心
鋅還會從口腔進入腸胃，進而誘發胃痛、反胃、惡心等症狀，甚至會讓人出現手足莫名顫抖的現象。
增加致癌風險
有研究發現，一天使用漱口水超過三次有致癌風險。因為漱口水含有大量的酒精，長時間在口腔中停留會讓酒精變為乙醛，威脅口腔健康。事實上，藥用型的漱口水不能隨意用，長期使用此類漱口水會引起口腔內正常菌群的失調和產生抗藥性，甚至會引起過敏反應，使味蕾的味覺降低並抑制唾液的分泌，因此必須在專業醫生的指導下選擇性使用。
影響心髒健康
每天兩次使用漱口水，結果發現，漱口後幾個小時，參試者血壓明顯升高2~3.5毫米汞柱。洗必泰中含有0.2%的殺菌劑氯己定。其他殺菌漱口水中該物質含量也基本相當。氯己定同時也會殺滅一些“有益菌”，這些有益菌能制造出少量的亞硝酸鹽，它對血管擴張具有重要作用。少量亞硝酸鹽可保護心髒，對人的健康產生積極地影響。常用滅菌漱口水，會導致口腔中亞硝酸鹽水平降低90%，血液中亞硝酸鹽水平降低25%。
