色素沉積
一些有色食物包括茶、咖啡、醬油以及香煙等，時間久了，由於沒有良好的清潔牙齒的習慣，這些色素會逐漸沉積甚至進入牙齒深層，使得牙齒的表面開始發黃、變黑。這就像白色的衣服長期被染色，如何清洗也無法使其恢復潔白一樣，一般的洗牙方法難以使染色後的牙齒再恢復原有的白色。
四環素牙
在牙齒發育期間，特別是8歲以下兒童或孕婦，如果服用四環素類藥物(如四環素、土霉素、強力霉素等)，則易引起牙齒變色，稱為四環素染色牙。這是因為四環素類藥物可與牙齒組織中的鈣離子結合形成穩定的四環素鈣鹽，隨年齡增長，變色會逐漸加重，約在18歲以後趨向穩定。
牙釉質發育不全
牙齒在發育過程中，表層的釉質因缺乏鈣、磷和維生素A、D等物質;或受有害因子的作用而造成的牙齒發育障礙。輕者牙齒表面的釉質呈不透明的白垩色，疏松粗糙，可因食物染色而呈黃褐色。重症者牙面釉質可出現實質性缺損，呈窩狀或帶狀缺損，甚至無釉質覆蓋。
齲齒、死髓牙
齲齒俗稱蟲牙或蛀牙，是由於在細菌的參與下，糖類食物酵解產酸而腐蝕牙體，久而久之造成牙齒變軟，牙組織崩解，形成黑色齲洞。而死髓牙多因深齲細菌感染或直接暴力打擊，牙齒意外折斷，導致牙髓損傷壞死而變色。
