牙簽的衛生狀況和正確使用直接關系到牙齒的保健和口腔衛生，切不可掉以輕心。不正確的使用牙簽至少有四大危害：
首先是消毒不嚴、管理不善的牙簽易引起疾病。任人抓取的牙簽上附帶的各種各樣的細菌、病毒會通過牙簽進入人體內，據衛生部門化驗，一根小小的牙簽上竟“藏”著幾萬個細菌。
其次是牙簽使用不當，將導致牙周疾病。如果無塞牙現象而亂剔牙或牙簽使用不當就會造成牙龈炎、牙龈萎縮、牙間隙增大而導致牙周疾病，切不可將牙簽用力壓入牙間乳頭區，因為這樣會使本來沒有間隙的牙齒間隙增大造成牙周病。
第三，叼含牙簽不慎可能危及生命。據濟南市口腔醫院介紹，有消費者因叼含牙簽不小心吞進肚內，把小腸穿破，經醫院緊急手術開刀才從體內取出，險些丟了性命，類似患者近期該院已收治兩例。
此外，木制牙簽造成木材消耗巨大，同時牙簽生產走街串巷和使用後也對環境造成污染。
