口腔中的細菌分為致病菌和非致病菌兩類。它們互相制約，保持著口腔內的“生態平衡”。
長期使用殺菌力強的藥物牙膏，不僅會使口腔中的致病菌產生抗藥性，而且在抑制、殺滅致病菌的同時，也會抑制、殺滅口腔中的正常菌群，使口腔中的“生態平衡”遭到破壞，引起新的口腔疾病和新的感染。另外，有些藥物牙膏中含有生物鹼和刺激性強的物質，長期使用，不但損害口腔內嬌嫩的粘膜，還會因長期不斷的刺激，使牙龈、口腔、舌頭等處發炎而引起牙龈炎、口腔炎、舌炎等;有過敏性喘咳的人會因藥物牙膏的刺激性異味而發生喘咳和腸胃不適，有些藥物牙膏還含染色素，長期使用會污染牙面，使牙齒失去光澤，影響牙齒美觀。
此外，使用藥物牙膏刷牙，部分藥物可能會進入腸道。試驗表明，有些藥物牙膏對大腸桿菌有較強的抑制作用，而腸道中的大腸桿菌，能合成維生素B、K等，進入腸道中的藥物牙膏，抑制大腸桿菌的生長，使腸道中的大腸桿菌數量減少，則可能引起人體的維生素B、K等缺乏。
各種藥物牙膏是針對口腔疾病而生產的，它有很強的適應症，如選用不當，則會產生一定的副作用。因此，健康人最好選用普通牙膏，以達到清潔口腔為目的。
如果口腔、牙齒沒有疾病或病變不嚴重，可選用較高級的傳統普通牙膏，不必使用藥物牙膏。普通牙膏中大都含有冰片、丁香油、薄荷腦、留蘭香、百裡香酚等防治口腔疾病的良藥，且普通牙膏香味濃郁，清涼爽口，無不良反應。藥物牙膏則不同，大都有較強的適應症，選用不當，會產生副作用。即使口腔生病，藥物牙膏也只是作為輕病人的輔助治療。任何病人口腔有病，特別是口腔重病人來說，都應及早就醫，診斷治療。
一般來說，普通牙膏已具有一定的消炎殺菌作用，只要刷牙方法正確，就能達到清潔牙齒和口腔保健的作用。如果已發生嚴重的牙齒齲洞、牙周炎、牙髓炎等疾病，應到醫院口腔科治療，不要把希望寄托在藥物牙膏上。
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