長期的完全素食，會引起營養不良，機體抵抗能力低下，容易患病，甚至發生嚴重的感染。完全素食的婦女所生的孩子往往會存在生長發育障礙等問題，智力發育也常受損。具體來說，完全素食可能帶來以下問題：
能量攝入不足 長期的完全素食，如不經調配，很容易出現蛋白質與脂肪攝入嚴重不足，易引發營養不良。蛋白質是構成和修補人體組織的主要原料，長期缺乏對機體的抗病能力影響極大；脂肪產生的能量高，不飽和脂肪酸更是“人腦的食糧”，對促進大腦的智力發育極為重要。
蛋白質質量不佳 動物蛋白質是優質蛋白質，含人體必需的氨基酸，易被人體吸收和利用。而植物食品蛋白質（除豆制品外）屬於不完全蛋白質，不能提供人體所需的所有氨基酸，營養價值相對差些，利用率也遠不及動物蛋白質。完全素食，人體蛋白質攝入量不足，蛋白質品質不佳，可使人體內蛋白質、碳水化合物、脂肪的比例失衡，從而造成消瘦、貧血、消化不良、精神不振、記憶力下降、性功能減退、抗感染能力下降等一系列症狀。
維生素缺乏 很多人認為素食者一定不缺乏維生素，其實這種認識是不科學的。長期的完全素食會導致許多維生素，特別是脂溶性維生素的缺乏。例如，植物性食物中幾乎不含維生素d。人體如果缺乏足夠的維生素d，會導致鈣大量流失，引起骨質疏松、佝偻病、骨骼結構脆弱等病症。維生素b12是造血過程和神經系統所必需的營養素。而維生素b12幾乎只存在於動物性食品中。長期吃純素者，很容易發生維生素b12缺乏，從而導致巨幼紅細胞貧血，出現抑郁、記憶力下降等症狀。
礦物質缺乏 素食者鋅的攝入量比非素食者低，並且植物鋅的生物利用率低。缺乏鋅會影響兒童發育，影響免疫功能。鐵主要存在於動物性食物中，人體對來自植物食品鐵的吸收較差。鐵缺乏所造成的危害是多方面的，缺鐵性貧血會使人食欲減退、疲乏無力，嚴重者還會影響到智力和認知能力等。
不食用奶制品的素食者，缺鈣情況非常普遍。人缺乏鈣質，尤其是女性，到中年和老年時容易患骨質疏松症。
