非藥用漱口水多是“消”字號的，而治療性漱口水(即藥用漱口水)多為“藥”字號。如果每天起床及睡前用含氟牙膏徹底清潔牙齒，就無需使用含氟漱口水或防牙菌膜漱口水。不含藥物的漱口水功能類似口香糖，主要是去除口臭。
由於添加的藥物成分不同，藥用漱口水的作用也有所區別。加入0.01%—0.2%氟化鈉的漱口水可以有效地減少兒童齲和老年人的根面齲的發生。治療牙龈炎時和牙周手術前後，可使用加入洗必泰、呋喃西林等藥物的漱口水抑菌、殺菌、消炎。含有1%過氧化氫、復方硼砂的漱口水可防腐、除臭。此外，感染性口腔黏膜病，如口腔黏膜潰瘍，可用含0.5%普魯卡因的漱口水緩解症狀。患有口腔疾病者應在醫生指導下選擇漱口水，不宜自己隨意購買使用。 洗牙後如果需使用漱口水，往往用藥液含漱1分鐘，每次連續含漱藥液1—2口即可。首先應用清水漱口，反復地沖洗口腔各個部位，盡可能清除掉存留在牙齒的小窩小溝、牙間隙、牙龈、唇頰溝等處的食物殘渣和軟垢;然後含約10毫升的漱口水，用上述方法漱1分鐘。漱完後不應再用清水漱口。 需要注意的是，除了含氟漱口水，其他藥物性的漱口水不宜作為口腔護理用品長期使用，當口腔疾病痊愈後，就應當停止使用，以免引起口腔內正常菌群失調。某些“消”字號漱口水也含有少量成分，不建議一般人長期使用。