口腔內部的情況與全身健康之間究竟有什麼樣的確切關系呢?口腔中隱藏的幾百萬的細菌(超過了人體的細胞總數)及其引起的繼發炎症是罪魁禍首。這些微生物形成復雜粘著的菌落斑塊。這些被微生物學家稱作“菌斑”的極難清除的斑塊，包含抵抗力強的、珊瑚礁樣的結構，它們堆積在龈線和牙齒間。
口腔中大約500種細菌中的一些細菌是有害的菌叢，可以引起牙龈炎和感染牙龈。這種情況下免疫系統會介入來戰勝這些入侵者，此時牙龈開始產生炎症，而且刷牙時可能出血。
有趣的是，如果這樣的感染出現在臂部或身體的其它部位，人們毫無疑問要找醫生進行治療，但是人們卻往往對出血和腫痛的牙龈放任自流。如果不經治療，這種腫痛會發展成為全面的牙周炎症，而且免疫系統開始顯示其不利的一面。這種逐漸發展的炎症使牙龈形成潰瘍，最終破壞固定牙齒的軟組織和骨，並將炎症物質輸送到全身。
研究人員發現失去控制的炎症可以引起一系列長期存在的、對健康危害極大的慢性疾病，包括血管栓塞、心肌梗死及關節炎和癌症。這種炎症關聯只是解釋慢性口腔疾病觸發或加重全身疾病機理的多種假設中的一種。
有駐留能力的細菌(牙菌斑過去被認為僅僅是病原體的聚集體，現在認為它是一個動態存在難以對付的微生物群落，叫做菌斑)
另外，微生物的生態系統不會始終停留在口腔中。在發炎的牙龈組織中大量繁殖的有毒的細菌可以悄悄隨著進食和刷牙動作滲入血流到達身體的遠端部位。問題是，這些細菌是否可以在身體的其它部位定居並引起危害?目前已經知道有些有害細菌被吸入時可以引起肺炎，尤其是老年人。有些細菌可通過血管轉移到子宮，還有的細菌在胎盤中發現。
很顯然，口腔是多種細菌通向人體“門戶”的途徑。但是這種聯系常常被忽略。在美國，口腔醫學和其它醫學之間長久以來存在隔膜。但隨著越來越多的證據表明出口腔科學和全身健康之間存在著的密切關系，這種學科之間的隔膜在逐漸消融。那種認為牙醫只治療牙龈和牙齒，其它醫生看其它病的觀點需要進行重新思考。
