與口臭關系最密切的疾病是齲齒、牙周病和口腔癌。除了口腔疾病外，口腔附近器官的疾病，如扁桃體結石、鼻窦炎、鼻息肉等，也是導致口臭的常見原因。
許多全身性疾病患者呼出的氣體中帶有某些特殊的味道，如糖尿病病人的口氣帶水果味、腎功能衰竭病人的口氣有魚腥味、肝硬化病人的口腔內有硫磺味。
通常人們認為，胃腸道疾病是產生口臭的重要原因。實際上，食道在不進食的時候是處於封閉狀態的，只有在打嗝時才有胃腸道的氣體通過口腔排出。所以，口臭與胃腸道關系不大，除非是比較嚴重的胃病，如胃癌、胃潰瘍等，加上食道封閉不良，才會伴有持續性的口臭。
此外，睡眠時唾液分泌減少，舌頰肌肉基本上處於休息狀態，易導致口臭；容易激動、發怒或者憂郁的人，常發生口臭；婦女在月經期和孕期也比較容易發生口臭；飲食習慣對口臭的形成起重要作用，洋蔥、蒜、動物脂肪等食物都會引起口臭；有些病人服用某種藥物後也會產生口臭，如二甲基硫化物、奎寧和抗組織胺類藥物等。
