由於智齒生長的特殊位置，給它的清潔和治療帶來許多問題，常引起的疾病有齲齒（俗稱蛀牙）、牙周炎、牙髓炎。
由於智齒在最裡面，日常刷牙不容易清潔，容易產生蛀牙，且智齒往往由於萌發空間不足出現脹痛，還會侵犯鄰牙，造成牙疼。另外，由於沒有對咬牙，有時智齒會過度萌發，進而影響咬合；還有時會萌發不足成為阻生齒，引起牙列不齊，冠周間隙感染，張口困難。
智齒長歪了，對相鄰的第二磨牙有重要影響。由於大多數智齒是前傾阻生的，約呈45度角頂在第二磨牙上，從而形成一個牙冠夾角，容易嵌塞食物，久之導致第二磨牙齲壞，甚至牙髓炎，就算沒有那麼嚴重也會影響第二磨牙的壽命。
