新生兒上颌骨骨髓炎發病急、病情重、全身症狀變化快，在治療上應采取積極而有效的措施。
臨床上首先應用大量有效抗生素，同時應注意患兒全身情況的變化，給予必要的對症及支持療法，並根據細菌培養及藥物敏感試驗結果調整抗生素。
一旦眶周、牙槽骨或腭部形成膿腫，要及早切開引流。如果全身中毒症狀明顯而局部雖未進入化膿期，必要時施行早期切開引流，也可獲得緩解全身中毒症狀及防止局部感染繼續擴散的效果。新生兒上颌骨骨髓炎急性期如果處理得當，可得到治愈，而不轉入慢性期。
新生兒上颌骨骨髓炎常有瘘孔排膿，換藥時，最好用青霉素等抗生素溶液沖洗，效果較好。口內有瘘孔者應注意防止膿液誤吸引起肺部並發症。如病情轉入慢性期，已形成死骨，但全身症狀好轉，局部腫脹基本消退，死骨清除術亦不急於進行，因新生兒或嬰幼兒上颌骨骨壁較薄，骨質松軟，死骨片均較小，往往可隨膿液從瘘孔排出而自愈。如果牙胚受炎症侵及而壞死，不能從瘘管排出時，可略擴大創口取出壞死牙胚，但未感染的牙胚要盡量保留。如死骨較大不能排出，手術摘除時也要盡量保守，僅摘除已分離的死骨，否則會加重颌骨破壞，影響颌骨發育，遺留颌面及牙颌系統畸形或咬合功能紊亂。新生兒上颌骨骨髓炎治愈後，面部及眶周遺留的瘢痕畸形，可待適當時機進行二期整復手術。
