1、遺傳因素：遺傳學研究證明，本病為多基因遺傳性疾病，20-30%的患者具有陽性的遺傳因素。經常可見在患者的親屬中有類似的畸形發生。
2、環境因素：如懷孕期間維生素的缺乏，母親在懷孕期間感染病毒，接觸X射線、激素或抗腫瘤藥物、抗組胺藥、煙酒刺激等，都可能造成遺傳基因的突變等一系列畸變。
3、營養因素：婦女懷孕期間的嘔吐和偏食可影響營養攝入，造成維生素缺乏，在動物實驗中，用缺乏維生素A、E的食物喂養懷孕小白鼠時，出生的幼鼠常有唇腭裂發生。
4、病毒感染：在妊娠早期，如遇風疹病毒感染，可能成為嬰兒唇腭裂的原因。
5、藥物因素：有些藥物能通過胎盤屏障影響胚胎發育，如安眠藥、抗過敏藥、苯妥英那、腎上腺皮質激素、環磷酸胺均可導致胎兒畸形。
6、內分泌影響：在懷孕早期，如孕婦因精神緊張及外傷等原因，可使體內的腎上腺皮質激素分泌增加，從而導致嬰兒先天畸形。
