唇腭裂是一種常見的先天性畸形，發病率為1‰，再發危險為4%。父為患者，後代發生率3%，母為患者，後代發生率為14%。人胚在形成的過程中，面部和口腔是有很多突起互相融合而形成的。在胚胎4~6周時，正是這些突起融合的時候，此時如果有什麼原因影響了這些突起的融合，就會發生唇腭裂或面的其他部位裂開。
那麼，究竟什麼原因或因素會引起這些突起不融合而發生唇腭裂呢？研究表明，唇腭裂屬於遺傳病之一，屬多基因遺傳。雖然父母外觀正常，但都帶有致病基因，同時受不良環境因素影響，就可能生出唇腭裂的子女。多基因遺傳病，發病往往是遺傳因素與環境因素共同作用的結果，由於目前尚不能改變遺傳因素，故應當重視環境因素。如夫婦帶有有關致病基因；妊娠最初的三個月，因營養缺乏，如維生素A、維生素B2或葉酸等；感染病毒，如風疹病毒；孕婦精神緊張或損傷後，可以出現應激反應而致內分泌的變化，特別是腎上腺皮質激素的變化可引起胎兒唇腭裂的發生。
