研究人員稱，激光可能會造成牙根表面牙骨質和齒槽骨的骨質結構分離、熔化、表面粗糙及凹洞形成和碳化等現象。而牙根表面的結構變化會妨礙傷口正常細胞的附著、增生，嚴重延緩骨組織的愈合。
此外，如果激光治療用在人工移植物體或材料上，會使移植物體或材料結構發生變化或熔解現象，損壞植體的設計和功能。
研究人員還發現，激光如在牙周囊袋內應用，會對鄰近的硬組織(牙骨質和齒槽骨)造成傷害，甚至造成齒槽骨壞死、化膿等長期的組織破壞。
因此提醒牙周病患者，激光治療牙周病有一定風險。
