不正確的使用牙簽至少有四大危害：
首先是消毒不嚴、管理不善的牙簽易引起疾病。任人抓取的牙簽上附帶的各種各樣的細菌、病毒會通過牙簽進入人體內，據衛生部門化驗，一根小小的牙簽上竟“藏”著幾萬個細菌。
其次是牙簽使用不當，將導致牙周疾病。如果無塞牙現象而亂剔牙或牙簽使用不當就會造成牙龈炎、牙龈萎縮、牙間隙增大而導致牙周疾病，切不可將牙簽用力壓入牙間乳頭區，因為這樣會使本來沒有間隙的牙齒間隙增大造成牙周病。
第三，叼含牙簽不慎可能危及生命。據濟南市口腔醫院介紹，有消費者因叼含牙簽不小心吞進肚內，把小腸穿破，經醫院緊急手術開刀才從體內取出，險些丟了性命，類似患者近期該院已收治兩例。
另外，木制牙簽造成木材消耗巨大。據有關方面統計，全國每年要消耗超過6000億支牙簽，如果用木材制造需消耗木材160萬立方米，相當於203萬畝樹林；用竹子制造需消耗竹子140萬噸，相當於70萬畝竹材，韓國、日本等發達國家目前已全面禁用木制牙簽。同時牙簽生產過程和使用後也對環境造成污染。
牙簽的衛生狀況和正確使用直接關系到牙齒的保健和口腔衛生，切不可掉以輕心。
首先，如果無塞牙現象就不要剔牙，同時，要養成每天正確刷牙的習慣；
其次，不要叼含牙簽，因牙簽頭部較尖，不慎進入食道，有生命危險，對於有牙齒疾病和食物嵌入塞牙的消費者，可選擇使用100%降解的澱粉牙簽；提倡用間隙刷代替牙簽，間隙刷是一種清潔牙齒鄰面菌斑食物殘渣的專用小刷子，使用間隙刷對牙縫清潔效果非常好，還能預防牙周疾病，因此，應大力倡導。
另外，選擇使用牙簽時，要選擇軟木制成的產品，表面要光潔無刺、尖端不能太尖，應該圓滑，要選擇包裝較好，有廠名、廠址、衛生許可證號、經過嚴格消毒的正規廠家的產品，沒有放在密閉容器內和可能引起污染的牙簽請不要使用。
消費警示最後指出，請廣大消費者牢記，劣質牙簽剔牙會使牙齒越剔越壞。
