造成口腔潰瘍的原因相當多樣化，甚至還有可能是癌症的警訊。所以，一旦出現口腔潰瘍的情形，就必須隨時加以注意病灶的狀況。健康專家表示，臨床上，口腔潰瘍的病因可歸納如下：
●外傷性
外傷性因素是口腔潰瘍中最為常見的病因之一，造成口腔潰瘍的外傷包括物理性、化學性、溫度刺激等。
其中，物理性傷害如受到假牙的壓迫、矯正器的刮傷、牙齒咬傷口內黏膜、堅硬食物刮傷等;而化學性刺激，則多與強酸或強硷物質相關;至於溫度的過冷或過熱，也是導致口腔黏膜發炎的外在因素。
●復發性口腔炎(Recurrent Aphthous Stomatitis，RAS)
復發性口腔炎(RAS)初次發生症狀多在童年時期，其特點是發病最初的24小時內會出現刺痛或灼痛感，也就是俗稱的“潰瘍痛”(Canker Sore)。造成復發性口腔炎的原因，除了家族遺傳傾向外，其他的誘發因素還包括精神壓力、荷爾蒙失調和食物過敏等。
●病毒、細菌、霉菌感染
關於病毒感染方面，包括像是單純疱疹病毒、水痘帶狀疱疹病毒、克沙奇病毒、EB病毒、巨細胞病毒、人類免疫不全病毒等的感染，都會導致口腔潰瘍的發生。至於常見的細菌型感染，則包括梅毒、淋病、急性壞死潰瘍性牙龈炎、結核病等，這些感染的發生，多與免疫功能低下呈現正相關。此外，口腔中的霉菌感染也是很常見的，其中又以白色念珠球菌(Candida Albicans)最為普遍，此種感染多為伺機性，而造成口腔潰瘍的致病霉菌，多在患者免疫力低下時侵入，且會擴展成全身性的感染。
●惡性腫瘤
少數惡性腫瘤，如口腔鱗狀細胞癌、非何傑金氏淋巴瘤(Non-Hodgkin's Lymphoma)、白血病、卡波西氏肉瘤、唾液腺腫瘤等，會同步出現口腔潰瘍的症狀。其中，發生在口腔部位的惡性腫瘤(即為口腔癌)，大部分屬麟狀細胞癌。絕大多數的口腔癌是由黏膜上的麟狀細胞惡化所形成，在臨床的症狀上會以口腔潰瘍來表現。
●自體免疫疾病
如貝氏症候群(Behcet's Disease)、紅斑性狼瘡、雷德氏症候群(Reiter's Syndrome)等自體免疫方面的疾病，都會出現口腔潰瘍的狀況。
●其他
其他造成口腔潰瘍的因素還包括皮膚疾病、腸胃疾病、營養問題以及醫療相關副作用等。在皮膚疾病方面，如扁平苔癬(Lichen Planus)、尋常性天疱瘡(Pemphigus Vulgaris)、大疱性類天疱瘡(Bullous Pemphigoid)等，是皮膚病症中較常合併出現口腔潰瘍的情形。而造成口腔潰瘍的腸胃疾病中，尤以克隆氏症(Crohn's Disease)及潰瘍性結腸炎(Ulcerative Colitis)為大宗。這些病患除腸道症狀外，患者也會合併口腔潰瘍問題。此外，有研究指出，約15%至25%復雜型口腔潰瘍患者會合併有營養素缺乏的問題。而體內若長期缺少維生素B12、葉酸、鋅、鐵質等，除了罹患血液疾病的風險提高之外，也容易成為口腔潰瘍的高危險群。
值得提醒的是，如有接受過放射線治療或一些藥物的副作用，也可能是導致口腔潰瘍發生的原因。像是頭頸部癌症，因接受放射線治療時，對口腔黏膜及唾液腺同時會造成傷害，患者也應多加注意。
