口腔潰瘍的病因較復雜，臨床治療要根據不同的誘因，針對性地治療，才能獲得好的療效。如：解除精神緊張的壓力、鎮靜、安眠、戒煙、酒等；有消化道疾患的要治療相應的疾病，增加機體的抵抗力，對於潰瘍局部，可采用局部塗擦止痛，消炎，促進愈合的藥物。如：魚肝油糊劑，強的松糊劑，養陰生肌散，潰瘍膏等，或者在進食前局部塗擦局麻藥，以減輕疼痛。
主要目的是消炎、止痛、促進潰瘍愈合，治療方法較多，根據病情選用：
1、含漱劑 0.25%金霉素溶液，1∶5000氯已定洗必泰溶液，1∶5000高錳酸鉀溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
2、含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3、散劑 冰硼散，錫類散，青黛散，養陰生肌散，黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥。此外，復方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促進潰瘍愈合作用。
4、藥膜 其基質中含有抗生素及可的松等藥物，用時先將潰瘍處擦干、剪下與病變面積大小相近的藥膜，貼於潰瘍上，有減輕疼痛、保護潰瘍面、促進愈合的作用。
5、止痛劑 有0.5%～1%普魯卡因液，0.5%～1%達克羅寧液，0.5%～1%地卡因液，用時塗於潰瘍面上，連續2次 用於進食前暫時止痛。
6、燒灼法 適用於潰瘍數目少，面積小且間歇期長者。方法是先用2%地卡因表面麻醉後，隔濕、擦干潰瘍面用一面積小於潰瘍面的小棉球蘸上10%硝酸銀液或50%三氮醋酸酊或碘酚液，放於潰瘍面上，至表面發白為度。這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沉澱而形成薄膜保護潰瘍面，促進愈合，操作時應注意藥液不能蘸得太多，不能燒灼鄰近健康組織。
7、局部封閉 適用於腺周口瘡。以2.5%醋酸潑尼龍混懸液0.5～1ml加入1%普魯卡因液1ml注射於潰瘍下部組織內，每周1～2次，共用2～4次，有加速潰瘍愈合作用。
8、激光治療 用氦氖激光照射，可使粘膜再生過程活躍，炎症反應下降，促進愈合。治療時，照射時間為30秒～5分鐘，一次照射不宜多於5個病損。
