口腔潰瘍可因食物刺激產生疼痛，給工作和生活造成影響。在潰瘍愈合期間，如果用藥控制可以促進愈合。另外，治療還能延長間隔時間，減少復發次數。
口腔潰瘍的病因比較復雜，許多不相同的病因，引起了相同的口腔潰瘍表現。臨床上常根據不同誘因，分別作出治療，以達到治愈目的。在家庭中也應考慮口腔潰瘍的病因，總結治療經驗，或在醫生指導下獲得治療效果。
口服維生素B／C可增進機體的抵抗力，有助於潰瘍愈合。疼痛明顯，潰瘍較多，間歇期較短的可試用左旋咪唑，轉移因子或胸腺素等免疫調節藥物治療，亦可使用糖皮質激素，如強的松治療。此外，全身其他治療也很重要，如給與鎮靜，安眠，調節神經及消化道功能的藥物。發病時應避免吃刺激性食物，最好戒煙，酒等。
在潰瘍上塗擦止痛、消炎的藥物，可防止繼發感染，減輕症狀。如用5％金霉素魚肝油糊劑；l％氯化可的松或強的松糊劑；中成藥如冰硼散，錫類散，養陰生肌散等，均可選擇使用。但不宜用石炭酸類或硝酸銀燒灼潰瘍，以免損傷健康的組織。
