口腔潰瘍通常與營養不良有關，患者體內缺乏維生素B2，鋅、鐵、葉酸等。也有的是消化系統疾病及功能紊亂引起的，患者同時有腹脹、腹瀉或便秘等疾病。有的人在工作勞累、精神緊張、睡眠狀況不佳的情況下也容易口腔潰瘍。有些口腔潰瘍並非疾病，而是由牙齒或粗糙的牙托摩擦口腔黏膜所引起的。這時消除這些特定因素就可了。
輕微的口腔潰瘍並不表示患者有什麼重大的健康問題，潰瘍通常都會自動愈合c。
如果潰瘍在10天內沒有愈合，或反復發生，並伴有其他部位的潰瘍(如外陰潰瘍)，就需要注意了。這有可能是復發性口瘡，也有可能是一種免疫系統疾病——白塞氏病的先兆。白塞病又叫白塞綜合征，以反復性口腔潰瘍、生殖器潰瘍、虹膜睫狀體炎三聯症較常見：除此之外，如果口腔潰瘍經久不愈，則可能是一種癌前病損。
口腔癌除丁以腫塊形式出現外，也可能出現口腔潰瘍。這類潰瘍，周圍常會出現硬化邊緣，而且潰瘍中心的組織，會呈現疣狀或菜花狀的表面。口腔潰瘍也可能是諸如貧血、白血病等全身性疾病的一種症狀，不過這種情況很少見：另外，舌潰瘍也是口腔潰瘍中的一種，有時是因為上火而引起的，具體原因目前仍無法解釋。
