寶寶口腔潰瘍的原因有很多，比較常見的有以下幾類：
手足口病
這種病也有與疱疹性口炎相類似的症狀，好發於5歲以下幼兒，具有流行性。患病後口腔損害遍布於唇，頰、舌、腭等處，為很多小水疱，極易破裂，破後形成多個小潰瘍，除口腔部位外，在手掌、足底、臀部皮膚上亦可出現分散的小水疱，所以稱之為手足口病。
口瘡
比較常見，但是病因不一。有的是因為口腔黏膜有不明顯的傷口造成的，有的是因為壓力過大造成的，還有的是因為食物中缺少維生素B。初期口腔黏膜會有灼燒感，接著會發紅，並形成許多小潰瘍，相當疼痛。常見部位在舌側黏膜、口腔底部和舌頭部位。
外傷
凡是燙傷、刺傷、誤食有腐蝕性的東西等，都會引起口腔黏膜受傷，繼而引發潰瘍。
藥物過敏
特殊體質的寶寶可能會因為藥物或感染等不明原因，而引起所謂的“多形性紅斑疾病”，這時寶寶身上會出現靶形紅斑，眼睛、嘴唇、口腔，生殖泌尿道均有發炎、潰爛的情況。
值得注意的是，寶寶的口腔潰瘍有時也可能與其精神因素有關。比如寶寶因為某些事而過度興奮或憂慮，都會促使口瘡性潰瘍的發生。還有，使用些含有香料的牙膏或者塗抹一些含刺激性的藥物，也會引起寶寶口腔潰瘍。
