目前口腔潰瘍病因及致病機制仍不明，存在明顯的個體差異。有人提出復發性口腔潰瘍發病的遺傳、環境和免疫“三聯因素論”，即遺傳背景加上適當的環境因素（包括精神神經體質、心理行為狀態、生活工作和社會環境等）引發異常的免疫反應面出現復發性口腔潰瘍特征性病損。也有人提出“二聯因素論”，即外源性感染因素（病毒和細菌）和內源性誘導因素（激素的變化、精神心理因素、營養缺乏、系統性疾病及免疫功能紊亂）相互作用而致病。總之，學界的趨同看法是復發性口腔潰瘍的發生是多種因素綜合作用的結果。
1．免疫因素
細胞免疫異常：近年對復發性口腔潰瘍的病因研究多集中在免疫學方面，其中又以細胞免疫為主。患者存在細胞免疫功能的下降和T淋巴細胞亞群失衡。細胞免疫主要是指T淋巴細胞介導的免疫應答反應。大量對復發性口腔潰瘍患者T淋巴細胞亞群的分析、功能測定和淋巴因子研究顯示出細胞免疫現象，提示T淋巴細胞在復發性口腔潰瘍的發病中作用。
2．遺傳因素
對復發性口腔潰瘍的單基因遺傳、多基因遺傳、遺傳標記物和遺傳物質的研究表明，復發性口腔潰瘍的發病有遺傳傾向。
3．系統性疾病因素
臨床實踐經驗和流行病學調查均發現復發性口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝膽疾病及由寄生蟲引起的各種消化道疾病或功能紊亂密切相關。研究指出消化道功能紊亂約占復發性口腔潰瘍發病誘因的30％。有人隨機對121名復發性口腔潰瘍患者進行臨床表現和胃鏡檢查，有70名確診患有消化系統疾病。另有一些報道RAU患者食管、胃和十二指腸存在與復發性口腔潰瘍相似的淺表性小潰瘍。
4．感染因素
有人從潰瘍表面培養出L型鏈球菌，用分子生物學技術檢出幽門螺桿菌且抗菌治療效果較好，還有人對283例復發性口腔潰瘍患者行結核菌素試驗，結果73．5％陽性，67？3％抗結核抗體陽性，提供了感染的證據。另外，有人從病損中分離出腺病毒、從患者循環免疫復合物中發現單純疱疹病毒（HSV）的DNA或從口腔脫落上皮細胞中檢測出人類巨細胞病毒（H（：MV）的DNA；也有研究報道發現，在急性期復發性口腔潰瘍患者的外周血單核細胞中，人類疱疹病毒6（HHV-6）、人類疱疹病毒7（HHV-7）、人類乳頭狀病毒（EBV）等病毒的DNA片段陽性率顯著高於正常人；然而大部分對病毒進行培養的研究都沒能從口腔潰瘍病損區直接分離到上述研究提及的HSV、HHV、EBV、HCMV等等病毒；而且有人認為，由於腺病毒在體內廣泛分布，即使在復發性口腔潰瘍病損中檢測出陽性結果，其臨床意義也不大。因此盡管在復發性口腔潰瘍患者的病損部位發現了一些感染證據，但大多數學者認為，這些感染證據是病因還是繼發現象值得進一步探討，感染是否作為復發性口腔潰瘍的發病因素或復發性口腔潰瘍是否屬於感染性疾病目前仍有爭議。
5．環境因素
隨著“生物-心理-社會”醫學模式的轉化，對復發性口腔潰瘍患者的心理環境、生活工作環境和社會環境等等的研究引起重視。如人格問卷調查結果表明，復發性口腔潰瘍患者的A型行為類型得分高於正常人，回顧發病1年內多數人有明顯的重要生活事件存在，說明復發性口腔潰瘍與緊張刺激的心理反應密切相關。有人發現學生的復發性口腔潰瘍復發率在考試前明顯上升；經常更換工作崗位的人在工作環境變化時期容易復發性口腔潰瘍；男性口腔潰瘍的臨床症狀得到改善，此外，研究表明，維生素B1、B2、B6、B12及葉酸等攝人不足，或血清中缺鋅、缺鐵、高銅等均與復發性口腔潰瘍發生有一定的相關性。有報道稱戒煙亦可誘發復發性口腔潰瘍。牙膏中的成分l2一烷硫酸鈉（sodium lauryl sulphate）可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。說明生活節奏和生活習慣、工作、氣候、食物、營養等等生活工作環境和社會環境均與復發性口腔潰瘍的發生有一定的關系。
6．其他因素
事實上有關復發性口腔潰瘍發病因素的研究范圍遠遠不止於上述5個方面。大量的臨床實踐和動物實驗證實，尚有許多其他因素值得探討。
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