治療口腔潰瘍的辦法很多，主要是根據口腔潰瘍病情的不同采取相應的治療方式。治療口腔潰瘍的兩大原則主要包括：局部使用藥物治療和全身治療兩種。
（1）局部使用藥物治療。主要在於防止繼發感染，減輕疼痛，促進愈合，以達到縮短療程的目的。藥物劑型為溶液或散劑。常用5%達克羅寧局部塗搽，以起到止痛作用，用復方硼酸溶液及5%的洗必太含漱、溶菌酶含片，消炎藥膜和各種中成藥散劑可起到消炎防腐作用。
（2）全身治療。適用於復發頻繁而少間症狀突出的各型口腔潰瘍。其主要目的在於防止復發，可試用免疫反應抑制藥和提高免疫系統功能作用的藥物進行治療。
免疫抑制劑類藥物：如糖皮質類固醇，常用強的松每日15-40毫克分3次服。對於中長療程可采用隔日療法，即將兩日的總劑量合並於上午一次頓服，可減少副反應及其對代謝的影響。另外，細胞毒類藥物具有非特異性抗炎作用，臨床上常與糖皮質類固醇合用。較多用的為硫唑嘌呤，每次20-50毫克，每日2次，療程為1-2周。細胞毒類藥物對於增殖活躍的淋巴細胞具較強毒性，但對已分化成熟的漿細胞式致敏的小淋巴細胞則作用不明顯，因此，當療程不明顯或病情轉劇時應停用。其他藥物還有烷化劑，環磷酰胺等。在應用免疫抑制劑時，給藥前須充分了解患者的全身情況，給藥過程中，定期檢查血象及肝腎功能。
