口腔潰瘍的病因較復雜，應根據不同的誘因，有針對性地進行治療，才能獲得較好的療效。有消化道疾病的患者要先治療相應疾病，增加機體抵抗力。對於潰瘍局部，可用止痛、消炎、促進愈合的藥物塗抹，如養陰生肌散、潰瘍膏等。
促進潰瘍愈合的治療方法較多，可酌情選用。
含漱劑 0.25%金霉素溶液，1∶5000氯己定溶液，1∶5000高錳酸鉀溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
含片 度米芬含片，溶菌酶含片，氯己定含片。
散劑冰 硼散、錫類散、青黛散、養陰生肌散、黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥物。
藥膜 其基質中含有抗生素及可的松等藥物，用時先將潰瘍處擦干，剪下與病變面積大小相近的藥膜，貼於潰瘍上，有減輕疼痛、保護潰瘍面、促進愈合的作用。
止痛劑 用0.5%～1%普魯卡因溶液、0.5%～1%達克羅寧溶液、0.5%～1%鹽酸阿替卡因溶液，塗於潰瘍面上，用於進食前暫時止痛。
燒灼法 適用於潰瘍數目少、面積小且間歇期長者，先用2%鹽酸阿替卡因溶液表面麻醉後，擦干潰瘍面，用小於潰瘍面的棉球蘸上10%硝酸銀溶液或50%碘硝酚溶液，放於潰瘍面上，至表面發白為度。操作時應注意藥液不能蘸得太多，不能燒灼鄰近的健康組織。
局部封閉 適用於腺周口瘡。將2.5%醋酸甲潑尼龍混懸液（0.5～1毫升）和1%普魯卡因液（1毫升）混合，注射於潰瘍下部組織內，每周使用一兩次，共用2～4次，有加速潰瘍愈合作用。
