治療口腔潰瘍要有雙重的目標：一方面要消滅那些感染口腔潰瘍的細菌，一方面要保護傷口。對於嚴重的口腔潰瘍患者，專家提醒，應及早到正規醫院接受對症治療，縮短病程。
刷牙堅持“三個三”
多刷牙、多漱口，保持口腔衛生。刷牙的原則為“三個三”，即每天刷三次、每次刷三分鐘、刷全牙齒的三個面。另外，當創口痊愈後，一定要將牙刷扔掉，一來為了防止牙刷上留有的細菌繼續“害人”，二來軟毛牙刷的材質和設計不易將牙齒刷干淨。
多吃富含維生素的蔬菜
要預防及治療口腔潰瘍，首先要調整飲食結構。多吃新鮮蔬菜瓜果和小麥胚芽，並以清淡為主，平時也要少飲酒，少抽煙，少吃辛辣刺激食物、油炸、腌制、干炒及比較硬的食物。多吃富含蛋白質的食物。因感冒發燒引起的口腔潰瘍，可以喝上幾包板藍根，殺死感冒病毒的同時也可以預防潰瘍發生。
補充維生素B族和鋅
維生素B族對口腔潰瘍很有好處，家長可以給患口腔潰瘍的孩子進行補充，同時還要補鋅，但應避免單一補鋅，因為維生素和礦物質之間關系密切，單純的補鋅效果不理想，達不到吸收和生物利用的效果。輕症者也可用維生素B2片壓成粉末塗在潰瘍面上2-3次即能緩解。
一天塗擦蜂蜜數次。將口腔洗漱干淨，再用消毒棉簽將蜂蜜塗於潰瘍面上，塗擦後暫不要飲食。15分鐘左右，可用蜂蜜連口水一起咽下，再繼續塗擦，一天可重復塗擦數遍。
