引起口瘡的原因不是由細菌、病毒感染，而是由於牙刷不當或吃帶刺、過硬的食物等刺激或咬傷口腔粘膜。齲牙或牙和殘根刺激口唇或舌的粘膜，以及消化不良、便秘或腸道有蛔蟲等引起；睡眠不足是、突然改變生活規律、精神受刺激等因素也是引起口瘡的誘因。
此外，婦女在月經前期也可誘發口瘡。
針對以上導致口瘡的原因，所以不能用抗生素治療。
如果應用窄譜的抗生素治療，不但達不到治療的目的，而且還會破壞正常腸道菌群而發生”二重感染”，使病情加重。所以長口瘡後用抗生素進行治療，是有害無益的。
