雖然口腔潰瘍的確切病因還不能完全確定，但多數專家認為口腔潰瘍的發生是多種因素綜合作用的結果。大多數醫生認為，口腔潰瘍與以下因素有關：
1、精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
2、遺傳因素
如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
3、消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
4、內分泌變化
有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的症狀。
