臨床上引起口臭的常見全身性疾病多為內分泌系統疾病。出現無明顯牙病的口臭時應注意查一下這幾種疾病：
糖尿病 大多數糖尿病患者都伴有不同程度的免疫功能障礙，口腔中的致病菌增多，易引起牙龈炎和牙周炎。一般來說，引起牙龈炎和牙周炎的細菌增殖能力很強，其代謝產物是硫化氫和吲哚類物質，這些物質揮發性很強並產生難聞的氣味。加之糖尿病患者內分泌功能紊亂，體液中酮體增多，酮體隨分泌的唾液和呼吸通過口腔。因此糖尿病患者大都存在口臭，口臭氣味呈腐爛的蘋果味和蒜臭味，早晨醒後口臭比較明顯。
胃腸道疾病 胃病患者的口臭一般是由於胃蠕動異常，胃內食物消化不良反流到食管引起。胃病性口臭較明顯，呈酸臭味。慢性胃炎、胃潰瘍都可出現口臭。正常情況下，胃與食管有嚴密的贲門封閉著，胃腸中的氣味不會反到口腔中。一旦口腔中出現胃中反流的食物酸味，則說明有胃炎和食管炎。一般來說，十二指腸潰瘍和炎症性腸病不產生口臭。
肝病 肝病患者的口臭一般呈腐臭味。這是因為肝病患者肝功能異常，導致血液中的尿素氮和氨含量增多。而氨經過呼吸從口鼻排出一部分，產生比較明顯的口臭。肝病患者的舌苔較厚，是口腔細菌生長繁殖的良好場所，細菌代謝產物會產生難聞的氣味。肝功能異常時，患者牙龈滲血或出血增多，血液的分解也會產生異味。因此，肝病者出現明顯的口臭，往往是肝病加重的表現，需及時診治。
腎炎 腎炎患者出現腎功能異常時會產生較明顯的口臭。患者常常感覺口中有臭鹹菜味道，而其他人則可嗅到臊臭味。腎炎患者發生口臭的機理與肝病患者發生口臭的機理相似，口腔難聞的氣味也相似，都是由於血液中的尿素氮和氨含量增多所致。腎炎患者有時自己感覺口內有甜味和鹹味，這是因為腎炎患者體內鈉離子增多所致。雖然患者自己感覺到的氣味是甜或鹹味，但他人則嗅到的卻是明顯的異味。
心髒病 心髒病患者的口腔異味一般為輕度腐爛臭味。患者也感到口腔內有異味，而且刷牙和漱口無明顯效果。心髒病引起的口臭多是口腔內菌群發生變化所致。例如，心力衰竭時常伴有口腔白色念珠菌、幽門螺桿菌感染，此時即可出現明顯的口臭。許多治療心髒病的藥物會抑制唾液的分泌，患者感到口腔干燥。尤其是夜間口腔干燥最明顯，甚至因口腔干燥而使睡眠中斷。唾液中含有溶菌酶，唾液分泌減少使得口腔抗菌能力下降，口腔中的細菌增多，因此口干患者多數伴有口臭。
有明顯口臭而無明顯牙病時，很可能是全身疾病引起的，要及時檢查身體，尤其要注意檢查內分泌系統，肝、腎、心髒等疾病，以便能早期發現疾病，早期得到治療。口腔局部疾病引起的口臭，經過治療可以收到比較好的效果。全身性疾病引起的口臭，單純依靠口腔局部治療沒有明顯效果，需要配合全身疾病的治療才能顯效。
