這種先天性畸形主要是在懷孕第4周到第10周期間，由於某些致病因素導致胎兒面部發育障礙所致。目前醫學認為致病因素有：①遺傳因素：部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20％左右唇腭裂患兒可查詢出有遺傳史。②感染和損傷：懷孕初期(2個月左右)的母親感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇腭裂的致病原因。⑧母體懷孕期間患有如貧血、糠尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病。④懷孕期間服用某些藥物：如鎮靜藥、抗癫痫藥及激素類藥等。⑤懷孕期間母體接受過大劑量X線照射。
因此，唇腭裂的預防關鍵在於懷孕早期，即妊娠第2—3個月期間。應避免上述可能的致病因素，提倡優生優育，禁止近親結婚。如果生了唇腭裂畸形的小孩，?不要緊，只要很好喂養，經過及時的手術治療，也會成為一個可愛的孩子。
