扁平苔藓病理
為上皮角化過度與角化不全，上皮角化層增厚或變薄，粒層增生明顯，棘層肥厚亦可萎縮，上皮釘突呈鋸齒狀或變平消失，基底細胞液化變性。基底膜下方有大量淋巴細胞浸潤帶。深層結締組織可有毛細血管擴張。
約 1／2病例上皮及固有層可見均勻嗜酸染色小體稱作膠樣小體。炎症越重越易見到，一般認為它來源於變性上皮細胞及變性的基底膜。多認為基底細胞變化是重要病理依據。
免疫病理表現
間接免疫熒光血清抗核抗體陽性者占1／3，滴定度不超過1:40，與疾病程度不呈相關關系，不能排除自身免疫疾病，但也不能作為一診斷指標。直接免疫熒光檢查在基底膜區顯示抗纖維蛋白染色呈強陽性，有連續性免疫熒光帶，一般延伸到上皮固有層表層或上皮層，可見抗C3的細顆粒熒光或不連續線狀熒光。
