關於扁平苔藓癌變問題自1910年Hallopean第一次報告癌變病例以後，討論逐漸增多。Pindborg認為其屬於癌前狀態，癌變年齡多在中年以上，糜爛潰瘍病損易發生癌變，在斑塊和萎縮性病損中也可見到。癌變原因多認為與長期刺激有關，如煙、酒、念珠菌感染等。癌變率各學者報告很不一致，由0.4％一12.3％。
很多學者對扁平苔藓為癌前損害的結論尚有異議。有人提出原診斷扁平苔藓病理學根據不足，因癌腫發生在遠離扁平苔藓部位。多數學者意見是扁平苔藓大多處於良性過程，應對長期糜爛、潰瘍、斑塊型扁平苔藓進行追蹤，必要時進行活檢或手術切除。
扁平苔藓預後一般良好。可呈持續反復發作過程，病損可長期穩定於某個病變階段，亦可逐漸自行緩解或起伏波動，甚至擴大蔓延加重。
