目前扁平苔藓的具體病因還沒有明確，經過醫學工作者多年的臨床研究表明，扁平苔藓的病因與心理因素、內分泌因素、病毒感染、自身免疫和遺傳有一定的關聯。
1、心理因素
OLP的發生、發展與身心因素有密切關系。50%左右的0LP患者有精神創傷史（如下崗失業、親屬亡故、婚戀糾紛），或生活壓力過大，又不善於與人溝通，無法釋放情緒等導致心情不暢、焦慮的因素。臨床中常見到因這種心理異常導致機體功能紊亂，促使OLP發病，病情加重，或反復發作、遷延不愈。
2、內分泌因素
流行病學調查發現，中年女性OLP發病率較高。研究表明，女性OLP患者月經期及絕經期血漿雌二醇（E2）及睾酮（T）含量低於對照組，而男性患者血漿中E2下降。同時在OLP組織切片中雌激素受體（ER）表達顯著低於對照組。一些女性OLP患者在妊娠期間病情緩解，哺乳期過後月經恢復時，病損復發。
3、感染因素
可能足致病因素之一，Lipschutz曾發現病損內有包涵體存在並認為是病毒感染的證據。但有些學者在實驗中未得到任何病毒感染的證據。國內有學者提出0LP發病與幽門螺桿菌（HP）感染有關，並有抗HP治療後有效的報告。但因HP在人群中感染較廣泛，亞型也較多，尚需進一步觀察。有學者用PCR法檢測發現OLP患者外周血中丙型肝炎RNA較對照組顯著增高，其與OLP的關系尚需進一步觀察。
4、遺傳因素
曾在一個家庭中發現有數人發病；有些患者有家族史。有的學者發現OLP的HLA抗原的A3、B5、B8位點有異常，頻度增高。
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