本病的診斷依據主要有：本病中年女性稍多於男性，口腔粘膜病變的病損特征是在角化病損之間有紅色充血的或正常的粘膜，它“鑲嵌”在灰白色的角化斑塊或條紋中，形成為網絡狀或線路狀。口腔病損常常為對稱性。若用放大鏡細細觀察，其病損則表現為白色細線條或針帽大小的丘疹，並組成網狀、線條、環形、斑塊等各種圖形。具有以上典型症狀的病人不難作出臨床診斷。但如果病程反復，時間較長，或有水疱、潰瘍、糜爛等損害時，則需依靠活檢或其他診斷方法來與另外一些粘膜病鑒別。
扁平苔藓應與以下幾種疾病相鑒別：
1、口腔赤斑病（簡稱赤斑，口腔紅斑）赤斑是一種紅色口腔粘膜癌前損害，非常類似於癌前皮炎——博溫病（Bowen disease），二者在組織病理海陸空上的改變，也常難以區分。為免於在字面上混同於良性的炎症性紅斑（macule）而稱赤斑，以示二者在本質上的差異。
赤斑好發於“危險區域”：舌腹（緣）—口底、口角區頰粘膜與軟腭復合體；中年女性患者多於男性。赤斑初期的特征，是上皮萎縮與異常增生，臨床上的突出表現為血紅色的光亮似“無皮狀”的圓或橢圓形斑塊，界限非常清楚，觸診非常柔軟，類似“天鵝絨”，損害微凹或平狀；無明顯疼痛或不適；損害如綠豆大小，逐漸向四周擴大。這種表面鮮紅光亮而無白色成分的類型稱為均質型赤斑。反之，若赤斑中有白色顆粒，則稱顆粒狀赤斑。若又有顆粒並伴有較大的結節時，則稱為顆粒—結節狀赤斑。這種類型由於同時存在兩種癌前損害：赤斑與白斑，因此，又可稱為顆粒—結節狀白斑（參閱白斑節）。
赤斑在緩慢擴展過程中，臨床特征為柔性與血紅色逐漸減退，界限不清，表面輕度隆起，觸診具堅韌感，表明赤斑已從萎縮與異常增生階段發展為原位癌或浸潤癌，故有時亦稱“增殖性紅斑”或“紅斑瘤”，應立即進行活檢以明確診斷。
初期赤斑的特征是上皮萎縮，故鏡下所見為：角化層消失或難以辨認，乳頭層上僅有2～3層棘細胞，而這幾層棘細胞往往已顯示核漿比改變，核深染等具有癌前性質的細胞畸變；又由於乳頭層接近表面以及毛細血管擴張充血，故呈特異的血紅色和柔軟性。
而常見的粘膜炎（mucositis）是紅色良性粘膜炎的統稱，創傷、感染、藥疹等多種原因都可在口腔任何部位引起炎症反應，這種炎症反應通常也稱紅斑。紅斑呈暗紅色，無特異的血紅色，疼痛比較明顯，病程短暫。對於疑似赤斑的局限性損害，可在損害下注射皮質類固醇如確炎舒松，每周2次，如2周內無消退跡象，應予以活體檢查。
2、盤狀紅斑狼瘡女性多見，損害常發生在唇部、頰粘膜、舌背、口底舌腹等部位，皮膚損害多見於頭面部。粘膜損害的特征為中央萎縮，外圍為白色或黃白色而發硬的斑塊，邊緣不規則但界限清楚。損害發生部位可作為鑒別參考。
以上幾種疾病與扁平苔藓的鑒別還可借助於組織學檢查：赤斑損害是角化層消失，僅有2～3層棘細胞，核漿比改變，核深染等；紅斑狼瘡損害的上皮有過度角化，但增生不明顯；白斑則上皮有明顯的異常增生；扁平苔藓的上皮有角化過度或角化不全，有時且萎縮，基底細胞排列紊亂、液化或壞死，基底膜下有大量淋巴細胞浸潤。
