中醫認為口腔扁平苔藓與“口破”、“口糜”相象，也有認為與“口蕈”、“口藓”類似。其發病與內傷七情，外感風熱燥邪有關。西醫認為本病病因不明，從臨床和基礎的研究中發現可能與以下因素有關。
八大原因誘發口腔扁平苔藓
(一)感染因素 自60年代以來許多學者對本病與微生物的關系進行了研究。Thyreason等在病損上皮細胞內發現類似病毒的核內小體，曾認為是致病病毒，但電鏡觀察，表明這種核內小體是病損區細胞核膜的橫切面，系上皮細胞內非特異性結構，並非病毒顆粒。
(二)精神神經因素 患者因環境、家庭、工作，個人生活等各方面原因，身心活動受影響，精神受到創傷，緊張、焦慮、憂郁等，使機體發生心理、病理、生化代謝等一系列變化、產生失調紊亂而致病。
(三)內分泌因素 本病女性患者較多，病情波動與妊娠、更年期以及一些影響內分泌功能的藥物有關。患者雌二醇，睾酮含量多低於正常人。
(四)微量元素 扁平苔藓患者血清鋅多正常，補鋅治療也未取得明顯效果，故有人認為扁平苔藓不全角化為非本質的繼發性的變化。錳對維護線粒體功能有著重要作用，並與它的形成有關。
(五)系統性疾病因素扁平苔藓患者多伴有各種不同的全身性疾病或症狀，不少患者發病及病情發展與某些系統疾病存在有關，如糖尿病、高血壓消化道功能紊亂等。
(六)局部刺激因素 不同金屬修復體在口內形成電位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔粘膜苔藓樣改變。有報道銀汞充填體引起苔藓樣病損，少數患者也可能對銅、鋅、銀等產生變態反應。這些可能為遲發性超敏反應(Ⅳ型變態反應)接觸性變態可能為游離汞進入粘膜後成為抗原而引起局部反應。
(七)遺傳因素 有人發現本病有家族史傾向，不少學者進行了家系發病研究，但系譜分析不符合單基因遺傳規律。現多從HLA(人類白細胞抗原)方面進行研究。在家族性扁平苔藓患者所攜帶的HLA型基因，明顯高於非家族性扁平苔藓的對照組，說明扁平苔藓發病可能與遺傳因素有關。
(八)免疫學因素 目前仍不完全清楚。根據本病病情波動、反復及在上皮下固有層有炎症細胞浸潤，主要為來自T淋巴細胞的浸潤帶，因而考慮與免疫因素有關，並證明這些細胞不是局部增生的結果，而是來自血液，現多認為扁平苔藓為免疫功能低下，可導致對一種未明病毒易感性，並提出患者存在體液免疫紊亂。
