①牙膏中的藥物在口腔內不能保持太長的時間，即被漱口吐出，以致很難發揮藥物作用。一般要求每次刷牙不得少於3分鐘(多數人在1分鐘左右刷完)，但藥物很難在3分鐘之內快速起到防治口腔疾病的作用。當然養成良好的刷牙習慣，天天刷牙，多次接觸，也有一定的積累效果。
②所用藥物必須避免對口腔正常組織的損害。如牙石可用酸性藥物溶解，但是，酸性藥物又可損傷牙齒和牙龈組織，目前尚未找到僅對牙石有破壞作用，而又不損傷口腔正常組織的藥物。
③很難確定藥物的有效濃度。濃度太高，有害口腔健康：濃度適當，當藥物進入口腔後，又被唾液沖淡，而達不到足夠的有效濃度。
④藥物的作用常被口腔內的污物(如牙石)阻擋，或受牙齒形態特征的限制，難以到達真正的易感病變區(如齲齒易感的窩溝和牙齒的鄰接面)。
⑤牙膏中的藥品常因放置時間太久(主要是因為商品的貯存、運輸所需要的時間)，可能發生其他的化學變化，失去原有的藥效。
⑥有效藥品又常因帶有難以被人接受的味道，而不適宜放在牙膏中。如尿素具有防齲效果，但其臭味不能被人們接受。
